言語リファレンス
Python 言語リファレンス — Python 3.10.6 ドキュメント
標準ライブラリ
https://docs.python.org/ja/3/library/index.html#library-index
vscode - コードチェッカー、フォーマッター
インストール
コードチェッカー、フォーマッターのインストール
conda install -c conda-forge flake8 black isort mypy
pip install flake8 black isort mypy
vs codeでの設定
Work spaceを作る場合はworkspaceのsetting.jsonを以下の通り
{
"python.linting.flake8Enabled": true,
"python.formatting.provider": "black",
"editor.formatOnSave": true,
"editor.codeActionsOnSave": {
"source.organizeImports": true
},
"python.linting.mypyEnabled": true,
"python.linting.flake8Args": [
"--max-line-length=88",
"--ignore=E203,W503,W504"
],
}
References
- Pythonによるパッケージ開発 | フューチャー技術ブログ (blackと干渉するflake8でのE203の回避方法） 環境構築について丁寧に書かれているのでこれ以外にも参考になりそう。
unix - コマンドの標準出力を変数として使用する
コマンドの標準出力を変数として使用する
コマンドの出力を変数に設定したい場合は、 (バッククォート) を使用する
$ VAR=`date "+%Y-%m-%d"` $ echo $VAR 2022-09-02
References
tar - フォルダの圧縮・解凍
フォルダの圧縮・解凍
フォルダの圧縮
$ tar -czvf directory.tar.gz directory
フォルダの解凍
$ tar -xzf archive_name.tar.gz
References
Python - 辞書型データのdot notation
SimpleNamespace
>>> from types import SimpleNamespace >>> d = {'key1': 'value1', 'key2': 'value2'} >>> n = SimpleNamespace(**d) >>> print(n) namespace(key1='value1', key2='value2') >>> n.key2 'value2'
References
Python - ファイル名の変更
ファイル名の変更(os.rename)
ファイルから作成日の情報を取り出して、'yymmdd'の形式でファイル名の最初につける。
- ファイル名の変更:
os.rename
# ファイルから作成日の情報を取り出して、'yymmdd'の形式でファイル名の最初につける import os from datetime import datetime from glob import glob def get_dateStr(path: str, system_type='unix'): if system_type=='unix': c_timestamp = os.stat(path).st_birthtime else: c_timestamp = os.path.getctime(path) # for Windows PC dt = datetime.fromtimestamp(c_timestamp) date_str = datetime.strftime(dt, '%y%m%d') return date_str def rename_cdate(path: str): data_str = get_dateStr(path) rm_file_name = f"{data_str}_{os.path.basename(path)}" rm_path = os.path.join(os.path.dirname(path), rm_file_name) os.rename(path, rm_path) if __name__ == '__main__': path_list = glob('*.md') for path in path_list: rename_cdate(path)
python - 自作のスクリプトをimportして使う
自分で書いたPythonスクリプトをimportして使う
スクリプトファイル自身のpathからの相対pathをsys.pathに登録
__file__でスクリプトファイル自身のpathを参照できるので、これを利用する。
import os import sys # スクリプト自身のpathから一階層上のディレクトリをsys.pathに加える。 sys.path.append(os.path.join(os.path.dirname(__file__), '..')
References
DOIにマッチする正規表現
以下の正規表現で99%以上のDOIは識別されるとのこと。 さらにカバー率を上げるにはrefを参考に追加で4つのパターンを加える。それでもマッチできないものは僅かに残るとのこと。
/^10.\d{4,9}/[-._;()/:A-Z0-9]+$/i
References
python - xmlファイルを辞書型、json形式に変換
conda install -c conda-forge xmltodict
上記でインストール
import xmltodict import json with open('data.xml', 'r') as f: xml_data = f.read() dictionary = xmltodict.parse(xml_data) json_object = json.dumps(dictionary) print(json_object)
References
unix - 上書き防止
以下の設定をしておく。上書き防止対策。
set -o noclobber
NCBI E-utilitiesからの情報の取得例 (E-utilities URL)
注意点
API keyなしでは3回/秒までのリクエスト。（API keyありで10回/秒がデフォルト） この条件を超えないようにすること。これ以上のアクセスが必要な場合はNCBI所定の登録が必要
A General Introduction to the E-utilities - Entrez Programming Utilities Help - NCBI Bookshelf
NCBIのE-utilitiesからデータを取得したいときのURLのsyntax
E-Fetch
PMIDからabstractを取得したり、PubMed centralのfull textデータ取得の場合の例などは下記に記載されている。
例
PubMed
- Fetch PMIDs 17284678 and 9997 as text abstracts:
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=17284678,9997&retmode=text&rettype=abstract
- Fetch PMIDs in XML:
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=11748933,11700088&retmode=xml
PubMed Central
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pmc&id=212403
参考
使用できるdbとデータ型の一覧
