scikit-image - User guide to read

画像修正(シャープ) Image deconvolution Background補正j Use rolling-ball algorithm for estimating background intensity Segmentation Image Segmentation Segment human cells (in mitosis)

numpy - 平面上のpeakの平面座標の求め方

numpy - 平面上のpeakの平面座標の求め方 numpy.unravel_indexを使う numpy.argmax()は最大要素のindexが返されるので、 これを平面座標(原点は左上)に変換したいときに使う In [2]: import numpy as np In [3]: test_img = np.zeros((4,6)) In [4]: test_…

scikit-image - 画像間のずれを検出、計測する

概要 よく似た2枚の画像が平行でずれている時、そのずれを計測できる 方法 registration moduleのphase_cross_correlationを使う。 使用例でピクセル単位のずれを計測する例は以下の通り。 import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from skimage…

PowerShell使用方法メモ

PowerShell使用方法メモ とりあえず3つ Get-Help Get-Command Get-Menbers 入力補完・ヘルプ 入力補完 tabキーで入力候補の表示 Ctrl+Spaceで補完候補の一覧 ヘルプ Get-Helpに続けて対象のCmdletを引数に入力 Alias Get-Aliasでエイリアスを一覧 使用例 空…

scikit-image - Watershed segmentationのコード例

Watershed segmentation Watershed segmentation — skimage v0.19.2 docs markerで指定された位置から、輪郭の輝度が高い周囲に向けて、あたかも水が貯まる場所を選択するような方法。以下はscikit-imageの二つの重なった円を分類してセグメンテーションする…

Numpy - 画像処理

画像読み込み from PIL import Image import numpy as np im = np.array(Image.open('data/src/lena.jpg')) print(type(im)) # <class 'numpy.ndarray'> print(im.dtype) # uint8 print(im.shape) # (225, 400, 3) plt.imshow(im, cmap='grey_r') References Python, NumPyで画像処</class>…

Outlook - Tips

Outlook tips 検索方法 参考 ショートカット - 検索ボックス: Ctrl + E 高度な検索: "検索" > "検索ツール" > "高度な検索" ショートカット: Ctrl + Shift + F References Outlookの様々なメール検索方法|Office Hack

R Studio Tips

R

R Studio Tips ショートカット 機能 ショートカット comment <-の入力 Opt + '-' Linux/Winは"Alt + '-'" References バイオインフォマティクスデータスキル 8章

R - へルプ入手

R

Rのヘルプ入手 help()関数 help(log) ?(log) help.serch()関数 関数の名前を覚えていない時に使う。 help.serch("cross tabulate") ??"cross_tabulate" example() ヘルプファイルに含まれる全てのサンプルを実行できる機能。 # 例:logのサンプルを実行 exam…

LaTex数式入力メモ

LaTex数式入力 目次 LaTex数式入力 目次 ギリシャ文字の入力方法 点 References ギリシャ文字の入力方法 出力 Latex記法 出力 Latex記法 出力 Latex記法 α \alpha β \beta γ \gamma δ \delta ϵ \epsilon ε \varepsilon ζ \zeta η \eta θ \theta ϑ \vartheta …

ソフトウェア関連, 「技術文書の書き方」

技術文書の書き方 リンク よく書かれる文書の種類 README.md Design Docs 設計文書。 最低限書かれること。 - 解決したい課題とその背景 - 実装することになる予定の機能 - 実装方針 参考:googleでのDesignDocsの書き方 Specifications / API docs 仕様書。…

mac - ショートカットキー

システム Chrome keys function note Cmd+F1 ウィンドウを切り替える chromeに限らず使えると思う。 References ChromeのWindow間を移動できますか? - Qiita

windows - ショートカットキー

ショートカットキー システム全体 keys function notes Win+X, U, S スリープ Shift + F10 右クリックメニューの表示 windows PCの場合は専用のキーがあるのでそちらを使えば良い Chrome keys function notes Alt + Tab ウィンドウの切り替え References Win…

windows - PC起動時に開くファイルの設定

Windows でPC起動時に開くファイルを設定する。 対象ファイルのショートカットを作成する。 "スタート">"ファイルを指定して実行" (ショートカット: "winキー" + "R") "名前"ボックスにshell:startupと入力してOK "スタートアップ"のフォルダが開くので1.で…

Matplotlib - 軸目盛りの編集

www.yutaka-note.com

Matplotlib - GridSpecを使ってグラフを並べる

GridSpecの使い方 GridSpec demo 複数のグラフを並べる。グラフの大きさを変更できるので、大小のグラフを並べるのに便利。 import matplotlib.pyplot as plt from matplotlib.gridspec import GridSpec def annotate_axes(fig): for i, ax in enumerate(fig…

IPython マジックコマンド

マジックコマンド(備忘録) コマンド 説明 %reset ipython環境のリセット(変数等消去される) %xdel variables variablesを消去。参照も消去する。 %matplotlib IPythonシェルからmatplotlibを連携させる。(これがないとグラフ表示を消去できないなど面倒…

C言語入門

C

プログラムの書き方 C言語のソースファイル Hello world!! インクルード文 main()関数 printf() コメント文、コメントアウト 変数 変数の宣言 変数の代入 printf()で変数の値を表示する。 書式指定子 scanf() プログラムの書き方 簡単なプログラムであれば、…

Linux - ガイド集

GNOME 2.2 ユーザーズガイド (Linux 版) https://docs.oracle.com/cd/E19126-01/java.sys.r1/817-4430/index.html Linux日本語入力を有効にする Ubuntu 22.04 LTSで日本語入力 (iBus – Mozc, Fcitx – Mozc)│hirooka.pro

Python - 差分公式

差分公式 2.1. 差分 — pythonで学ぶ計算物理 ドキュメント より 関数 f(x) の解析的な表式が与えられていれば微分 f'(x) は必ず計算できますが、 f(x) が数値的にしか得られない場合(複雑な積分を含むなど)には、微分を数値的に評価する必要がでてきます。…

Python - 常微分方程式の解法

シミュレーションのコードの中で調べた。 scipyにパッケージとして用意されている。 4.1. 常微分方程式の解法 — pythonで学ぶ計算物理 ドキュメント

numpy - 要素をランダムに抽出する

np.random.choices(seq, k) seqからランダムに重複ありでk個のサンプルを抜き出す。 random.choice(a, size=None, replace=True, p=None) numpy.random.choice — NumPy v1.23 Manual

flake8 - 特定行のコードチェック抑制

# noqaを行の末尾に記載すると、その行に対する警告だけが抑制されるようになる。 ## References https://kuune.org/text/2013/05/09/pyflakes-to-flake8/

Markdown - 目次の作成方法

vscodeのMarkdown All in Oneを使用 Markdown All in One 見出しの作成方法 コマンドパレットからMarkdown All in One: Create Table of Contentsで見出し作成 更新 編集後、保存すると見出しも更新される。 セクション番号の追加/削除 コマンドパレット -> …

tmux - 基本

よく使うコマンド コマンド 説明 tmux new -s <session_name> 名前をつけてセッションを開始 tmux a 中断していたセッションに戻る tmux a -t <session_name> 中断していた名前つき(番号も可)セッションに戻る Ctrl-b + d セッションを一時的中断 tmux list-sessions セッションの一覧</session_name></session_name>…

pandoc - 使用例

Markdown -> html Markdownファイルをhtmlに変換する Latexを含むMarkdownファイルをhtmlに変換する。 Markdown -> docx References Markdown -> html Markdownファイルをhtmlに変換する pandoc test.md -f markdown -t html -o test.html Latexを含むMarkdo…

コマンドプロンプト - エンコードの変更

コマンドプロンプトのエンコードがデフォルトではshift-jisなので文字化けがある場合はutf-8に変更する。 chcp 65001 rem エンコードをutf-8に変更する chcp 65001 rem shift_jis (default) identifier: 932

python - 現在時刻を表示

現在時刻の表示 例:1 from datetime import datetime str_time = datetime.strftime(datetime.now(), "%Y-%m-%d %H%M%S.%f") print(str_time) この書き方で現在時刻をμs単位まで表示。 例:2 以下の例では日付をYYMMDDの形式で表示 from datetime import da…

git - 日本語ファイル名の文字化け

git

git 日本語ファイル名の文字化け対応 git statusなどで表示される日本語のファイル名が文字化けすることが多いが、以下の通り.gitconfigの設定を変更すれば良い。 ~/.gitconfigを編集して、 quotepathをfalse に設定する。 [core] <...> quotepath = false R…

pubmed - 検索式の作り方

基本事項 検索語 検索語のタグ タグの種類 その他 よく使えそうな検索式パターン Journal名で検索 References 基本事項 検索語 連続する語はダブルクォーテーションで囲むこと(例:ion channel -> "ion channel") 検索後にタグをつける 検索語のタグ “heart…