2022-07-01から1ヶ月間の記事一覧

DOIにマッチする正規表現

以下の正規表現で99%以上のDOIは識別されるとのこと。 さらにカバー率を上げるにはrefを参考に追加で4つのパターンを加える。それでもマッチできないものは僅かに残るとのこと。 /^10.\d{4,9}/[-._;()/:A-Z0-9]+$/i References DOIにマッチする正規表現(記…

python - xmlファイルを辞書型、json形式に変換

conda install -c conda-forge xmltodict 上記でインストール import xmltodict import json with open('data.xml', 'r') as f: xml_data = f.read() dictionary = xmltodict.parse(xml_data) json_object = json.dumps(dictionary) print(json_object) Refe…

unix - 上書き防止

以下の設定をしておく。上書き防止対策。 set -o noclobber

NCBI E-utilitiesからの情報の取得例 (E-utilities URL)

注意点 API keyなしでは3回/秒までのリクエスト。(API keyありで10回/秒がデフォルト) この条件を超えないようにすること。これ以上のアクセスが必要な場合はNCBI所定の登録が必要 A General Introduction to the E-utilities - Entrez Programming Utilit…

cython - 入門記事

hack.nikkei.com qiita.com qiita.com