NCBI E-utilitiesからの情報の取得例 (E-utilities URL)

文献情報

注意点

API keyなしでは3回/秒までのリクエスト。（API keyありで10回/秒がデフォルト） この条件を超えないようにすること。これ以上のアクセスが必要な場合はNCBI所定の登録が必要

A General Introduction to the E-utilities - Entrez Programming Utilities Help - NCBI Bookshelf

NCBIのE-utilitiesからデータを取得したいときのURLのsyntax

www.ncbi.nlm.nih.gov

E-Fetch

PMIDからabstractを取得したり、PubMed centralのfull textデータ取得の場合の例などは下記に記載されている。

The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More - Entrez Programming Utilities Help - NCBI Bookshelf

例

PubMed
  • Fetch PMIDs 17284678 and 9997 as text abstracts:
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=17284678,9997&retmode=text&rettype=abstract
  • Fetch PMIDs in XML:
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=11748933,11700088&retmode=xml
PubMed Central
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pmc&id=212403

参考

使用できるdbとデータ型の一覧

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/table/chapter4.T._valid_values_of__retmode_and/?report=objectonly