ファイルを圧縮・展開する(拡張子.gz,.tar.gz)

.tar.gzの展開

gzipでは,複数のファイルを圧縮して1つのファイルにまとめることはできない。ディレクトリごと圧縮して1ファイルにまとめたい場合は,tar でパッケージした後,gzipで圧縮する。その場合,拡張子は「.tar.gz」になる。tar.gzはLinuxのソース・パッケージに使われることが多い。

tar xzvf package.tar.gz

xtech.nikkei.com

Gitの使い方基本

まだまとまってない

Git

Tips

git commitのオプションで-aオプションをつけると全ての修正・変更ファイルをcommitする.これは便利だが、後からリポジトリの履歴を見た時に混乱の元になるのであまりやらない.

差分の確認

git diffについて.
作業ディレクトリのバージョンと最後にステージングされたバージョンとの比較をする.従って、ステージングしたらgit diffをしても変化は見られない.
ステージングした内容とコミットした内容をみたい.(すなわち、次のコミットに何が入るかを正確に知りたい時)は、git diff --stagedと指定する.

コミット履歴の確認: git log

コミット履歴を確認する場合は、git logを使う.

Git管理フォルダディレクトリ内の変更・削除について: git mv, git rm

Gitで追跡されているファイルなどを直接、削除・名前変更してしまうとgitが混乱する.これを防ぐにはgit mvやgit rmを使う.

Gitで無視するファイルの指定: .gitignore

.gitignoreでgitが無視するファイルを指定するが、グローバルに無視する候補も指定することができる. グローバルな.gitignoreファイルとして~/.gitignore_globalを用意して次のように設定する.
git config --global core.excludesfile ~/.gitignore_global

GitHubではグローバルな.gitignore候補のリポジトリを提供している.https://github.com/github/gitignore/tree/master/Global

5.3.10 ステージングを元に戻す: git reset

git add でステージングした情報を引き戻したい時は次のようにする.
git reset HEAD file.name

インデックス: Git用語でステージング領域のこと HEAD: Git用語でブランチの最後のコミットへの別名またはポインター

5.4.8 GitHubワークフロー:フォークとプルリクエスト

フォークは完全にGitHubの概念である.(Gitの一部ではない!!) ローカルバージョンからGitHub上の自分のリモートリポジトリにプッシュする変更はメインプロジェクトとは干渉しない.変更をメインリポジトリと共有したいと決めたらプルリクエスト(これもGitHubの機能)を使って、コミットをプルしてもらう要求を出すことができる.

References

  • Bioinformatics Data Skills

Unix - ファイルの詳細情報を表示する

ファイルの作成日などの詳細情報を表示する。

Mac OS

stat -x <file path>

-xで詳細表示. (MacOSのみのオプション) 無くても、情報は表示される。見出しがないからわかりにくいだけ。

Linux

stat <file_path>

References

ファイルを結合する

UNIXcatのように複数のテキストベースファイルを結合させたい場合。以下のようにコマンドを入れる。

Get-Content -Encoding UTF-8 <file_path_pattern> | Set-Content <output_file_path>

bashだと以下で、

cat <file_path_pattern> > <output_file_path>

kaggleでスクリプトをnotebookで使う方法

kaggleでスクリプトで書いた処理をnotebookで実行させたい場合のメモ。

スクリプトを書く

  1. kaggleの"Code"で Scriptを書いて、"File"メニュー > "Set as utility script"にチェック

notebookから登録する

  1. "File"メニュー > "Add utility script"をクリックして、利用したいscript fileを指定する.

技術系ドキュメンテーションサイト集

技術系のドキュメンテーションに役立ちそうなサイト集

LaTeX, MathJax

ramenhuhu.com

- [【MathJax-LaTeX】数式の表記方法まとめ](https://ramenhuhu.com/mathjax-equation)<br>

Markdown

Markdown記法

HTML/CSS

HTML入門 by creatorquest
HTML入門 by mdn
CSS入門 by creatorquest

正規表現まとめ(Python)

正規表現のまとめ(Python)
Automate Boring Stuff with Python, Chapter 7: Pattern Matching with Regular Expressions.の内容をメモ。

全般

reモジュールをimportして使う。re.compile()regex objectを作成して, これをsearch()メソッドやfindall() メソッドで探す。

>>> import re
>>> phoneNumRegex = re.compile(r'\d\d\d-\d\d\d-\d\d\d\d')
>>> mo = phoneNumRegex.search('My phone number is 415-555-4242.')
>>> print('Phone number found: ' + mo.group())
Phone number found: 415-555-4242

なお、regexパターンのテストはhttps://pythex.org/でできる。

まとめ

  • The ? matches zero or one of the preceding group.
  • The * matches zero or more of the preceding group.
  • The + matches one or more of the preceding group.
  • The {n} matches exactory n of teh preceding group.
  • The {n,} matches n or more of the preceding group.
  • The {,m} matches 0 to m of the preceding group.
  • The {n,m} matches at least n and at most m of the preceding group.

References

pbcopy ターミナルからテキストファイルをクリップボードへ

Mac OSのターミナルからテキストファイルをクリップボードへコピーする方法のメモ

pbcopyを使う。

ファイルの内容をクリップボードへコピー

pbcopy < foo.txt
cat foo.txt | pbcopy

References