まだまとまってない
Git
Tips
git commitのオプションで-aオプションをつけると全ての修正・変更ファイルをcommitする．これは便利だが、後からリポジトリの履歴を見た時に混乱の元になるのであまりやらない．
差分の確認
git diffについて．
作業ディレクトリのバージョンと最後にステージングされたバージョンとの比較をする．従って、ステージングしたらgit diffをしても変化は見られない．
ステージングした内容とコミットした内容をみたい．（すなわち、次のコミットに何が入るかを正確に知りたい時）は、git diff --stagedと指定する．
コミット履歴の確認: git log
コミット履歴を確認する場合は、git logを使う．
Git管理フォルダディレクトリ内の変更・削除について: git mv, git rm
Gitで追跡されているファイルなどを直接、削除・名前変更してしまうとgitが混乱する．これを防ぐにはgit mvやgit rmを使う．
Gitで無視するファイルの指定: .gitignore
.gitignoreでgitが無視するファイルを指定するが、グローバルに無視する候補も指定することができる．
グローバルな.gitignoreファイルとして~/.gitignore_globalを用意して次のように設定する．
git config --global core.excludesfile ~/.gitignore_global
GitHubではグローバルな.gitignore候補のリポジトリを提供している．https://github.com/github/gitignore/tree/master/Global
5.3.10 ステージングを元に戻す: git reset
git add でステージングした情報を引き戻したい時は次のようにする．git reset HEAD file.name
インデックス: Git用語でステージング領域のこと HEAD: Git用語でブランチの最後のコミットへの別名またはポインター
5.4.8 GitHubワークフロー：フォークとプルリクエスト
フォークは完全にGitHubの概念である．（Gitの一部ではない！！） ローカルバージョンからGitHub上の自分のリモートリポジトリにプッシュする変更はメインプロジェクトとは干渉しない．変更をメインリポジトリと共有したいと決めたらプルリクエスト(これもGitHubの機能）を使って、コミットをプルしてもらう要求を出すことができる．
References
- Bioinformatics Data Skills
